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16S_rRNA-A.fulgidus_domain1 | AUUCUGGUUGAUCCUGCCAGAGGCCGCUGCUAUCCGGCUGGGACUAAGCCAUGCGAGUCAAGGGGCUUGUAUCCCUUCGGGGAUGCAAGCACCGGCGGACGGCUCAGUAACACGUGGACAACCUGCCCUCGGGUGGGGGAUAACCCCGGGAAACUGGGGCUAAUCCCCCAUAGGGGAUGGGUACUGGAAUGUCCCAUCUCCGAAAGCGCUUAGCGCCCGAGGAUGGGUCUGCGGCGGAUUAGGUUGUUGGUGGGGUAACGGCCCACCAAGCCGAAGAUCCGUACGGGCCAUGAGAGUGGGAGCCCGGAGAUGGACCCUGAGACACGGGUCCAGGCCCUACGGGGCGCAGCAGGCGCGAAACCUCCGCAAUGCGGGAAACCGCGACGGGGUCAGCCGGAGUGCUCGCGCAUCGCGCGGGCUGUCGGGGUGCCUAAAAAGCACCCCACAGCAAGGGCCGGGCAAGGCCGGUGGCAGCCGCCGCGGUAAUACCGGCGGCCCGAGUGGCGGCCACU | ...(((((.......))))).((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..((.(((((((((((....))))))))))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.((......)))))))))).....((.....)).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)))))))))..((((((((...))))))))....(((((((.......))))))).......(((((((((....((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-A.fulgidus_domain2 | UUUAUUGGGCCUAAAGCGUCCGUAGCCGGGCUGGUAAGUCCUCCGGGAAAUCUGGCGGCUUAACCGUCAGACUGCCGGAGGAUACUGCCAGCCUAGGGACCGGGAGAGGCCGGGGGUAUUCCCGGAGUAGGGGUGAAAUCCUGUAAUCCCGGGAGGACCACCUGUGGCGAAGGCGCCCGGCUGGAACGGGUCCGACGGUGAGGGACGAAGGCCAGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUGGCUGUAAACGAUGCGGACUAGGUGUCACCGAAGCUACGAGCUUCGGUGGUGCCGGAGGGAAGCCGUUAAGUCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUA | .......(((((...(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))....))))))))..)))))))))...((((((.....(((((((((..(((((((....(((......))).......)))))))..)).......((....)).)))))))....))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...((..)))).....)))))))))).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-A.fulgidus_domain3 | AAGGAAUUGGCGGGGGAGCACUACAACGGGUGGAGCCUGCGGUUUAAUUGGAUUCAACGCCGGGAAGCUUACCGGGGGAGACAGCGGGAUGAAGGUCGGGCUGAAGACCUUACCAGACUAGCUGAGAGGUGGUGCAUGGCCGCCGUCAGUUCGUACUGUGAAGCAUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCGCGCCCCCAGUUGCCAGCGGUUCCCUUCGGGGAAGCCGGGCACACUGGGGGGACUGCCGGCGCUAAGCCGGAGGAAGGUGCGGGCAACGGCAGGUCCGUAUGCCCCGAAUCCCCCGGGCUACACGCGGGCUACAAUGGCCGGGACAAUGGGUACCGACCCCGAAAGGGGUAGGUAAUCCCCUAAACCCGGUCUAACCUGGGAUCGAGGGCUGCAACUCGCCCUCGUGAACCUGGAAUCCGUAGUAAUCGCGCCUCAAAAUGGCGCGGUGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACAC | .......(((((.(((((((..((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.(......(((.(((.......))).)))...)..))))...((.((((..(((((((((...((((((.((....))...((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((((((((....))))).)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-A.fulgidus_domain4 | ACCGCCCGUCAAGCCACCCGAGUGGGCCAGGGGCGAGGGGGUGGCCCUAGGCCACCUUCGAGCCCAGGGUCCGCGAGGGGGGCUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAAUCUGCGGCUGGAUCACCUCCU | .(.(..((...((((.(((..(((((((..((((..((((((((((...))))))))))..))))..)))))))..))).))))....))...)..).((((((((((....))))))))))........... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-A.pyrophilus_domain1 | UUCCCUGAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGCGCGAACGCUGGCGGCGUGCCUAACACAUGCAAGUCGUGCGCAGGCUCGCUCCCUCUGGGAGCGGGUGCUGAGCGGCAAACGGGUGAGUAACACGUGGGUAACCUACCCCCAGGAGGGGGAUAACCCCGGGAAACCGGGGCUAAUACCCCAUAAAGCCGCCCGCCACUAAGGCGAGGCGGCCAAAGGGGGCCUCUGGGCUCUGCCCAAGCUCCCGCCUGGGGAUGGGCCCGCGGCCCAUCAGGUAGUUGGUGGGGUAACGGCCCACCAAGCCUAUGACGGGUAGCCGGCCUGAGAGGGUGGCCGGCCACAGCGGGACUGAGACACGGCCCGCACCCCUACGGGGGGCAGCAGUGGGGAAUCGUGGGCAAUGGGCGAAAGCCUGACCCCGCGACGCCGCGUGGGGGAAGAAGCCCUGCGGGGUGUAAACCCCUGUCGGGGGGGACGAAGGGACUGUGGGUUAAUAGCCCACAGUCUUGACGGUACCCCCAGAGGAAGGGACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGUCCCGAGCGUUGCGCGAAG | .........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((((((((...)))))))))).))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((.....)))).))))))....((((((...(((((...))))).)))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))...(.(((((...(.....((((((((.......)))))))).....)....)))))....)..((((((((...(((((.....((.))))).......)))))))))).)))))))))).... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-A.pyrophilus_domain2 | UCACUGGGCGUAAAGCGUCCGCAGCCGGUCGGGUAAGCGGGAUGUCAAAGCCCACGGCUCAACCGUGGAAUGGCAUCCCGAACUGCCCGACUUGAGGCACGCCCGGGCAGGCGGAAUUCCCGGGGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUCUCGGGAGGAACACCGAAGGGGAAGCCAGCCUGCUGGGGCUGUCCUGACGGUCAGGGACGAAAGCCGGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCCGGC | ................((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...(((((..((..((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).))))))).))..)).)))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...)))))))) | 16S_rRNA |
16S_rRNA-A.pyrophilus_domain3 | CGUAAACCAUGGGCGCUAGGGCUUGUCCCUUUGGGGCAGGCUCGCAGCUAACGCGUUAAGCGCCCCGCCUGGGGAGUACGGGCGCAAGCCUGAAACUCAAAGGAAUUGGCGGGGGCCCGCACAACCGGUGGAGCGUCUGGUUCAAUUCGAUGCUAACCGAAGAACCUUACCCGGGCUUGACAUGCCGGGGAGACUCCGCGAAAGCGGAGUUGUGGAAGUCUCUGACUUCCCCCCGGCACAGGUGGUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUGCCCCUAGUUGCUACCCCGAGAGGGGAGCACUCUAGGGGGACCGCCGGCGAUAAGCCGGAGGAAGGGGGGGAUGACGUCAGGUCAGUAUGCCCUUUAUGCCCGGGGCCACACAGGCGCUACAGUGGCCGGGACAAUGGGAAGCGACCCCGCAAGGGGGAGCUAAUCCCAGAAACCCGGUCAUGGUGCGGAUUGGGGGCUGAAACUCGCCCCCAUGAAGCCGGAAUCGGUAGUAACGGGGUAUCAGCGAUGUCCCCGUGAAUACGUUCUCGGGCCUUGCACACA | ..........((((((..(((((((((((...)))))))))))...((....)).....)))))).....(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((.((((((((....))))))))..(((((((...)))))))))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....((((((............))))))......))...)))))))))).)).. | 16S_rRNA |
16S_rRNA-A.pyrophilus_domain4 | CCGCCCGUCACGCCACGGAAGUCGGUCCGGCCGGAAGUCCCCGAGCUAACCGGCCCUUUUUGGGCCGGGGGCAGGGGCCGAUGGCCGGGCCGGCGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGC | ..(..((...((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((((((.....))))))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))....))...).........(((((....))))) | 16S_rRNA |
16S_rRNA-B.burgdorferi_domain1 | AUAACGAAGAGUUUGAUCCUGGCUUAGAACUAACGCUGGCAGUGCGUCUUAAGCAUGCAAGUCAAACGGGAUGUAGCAAUACAUUCAGUGGCGAACGGGUGAGUAACGCGUGGAUGAUCUACCUAUGAGAUGGGGAUAACUAUUAGAAAUAGUAGCUAAUACCGAAUAAGGUCAGUUAAUUUGUUAAUUGAUGAAAGGAAGCCUUUAAAGCUCUCGCUUGUAGAUGAGUCUGCGUCUUAUUAGCUAGUUGGUAGGGUAAAUGCCUACCAAGGCAAUGAUAAGUAACCGGCCUGAGAGGGUGAACGGUCACACUGGAACUGAGAUACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGCUAAGAAUCUUCCGCAAUGGGCGGAAGCCUGACGGAGCGACACUGCGUGAAUGAAGAAGGUCGAAAGAUUGUAAAAUUCUUUUAUAAAUGAGGAAUAAGCUUUGUAGGAAAUGACAAAGUGAUGACGUUAAUUUAUGAAUAAGCCCCGGCUAAUUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAAGGGGCGAGCGUUGUUC | ........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((....))))))).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((((((((....)))))))))....((.(((.......))).)).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.....(((((((.(....).))))))).....)....))))))..)...((((((((...(((((.....((.))))).......)))))))))).)))))))))) | 16S_rRNA |
16S_rRNA-B.burgdorferi_domain2 | GGGAUUAUUGGGCGUAAAGGGUGAGUAGGCGGAUAUAUAAGUCUAUGCAUAAAAUACCACAGCUCAACUGUGGACCUAUGUUGGAAACUAUAUGUCUAGAGUCUGAUAGAGGAAGUUAGAAUUUCUGGUGUAAGGGUGGAAUCUGUUGAUAUCAGAAAGAAUACCGGAGGCGAAGGCGAACUUCUGGGUCAAGACUGACGCUGAGUCACGAAAGCGUAGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCUACGCUGUAAACGAUGCACACUUGGUGUUAACUAAAAGUUAGUACCGAAGCUAACGUGUUAAGUGUGCCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAAC | ..........(((((...(.((((.(.(((.(((((((.((((((.(((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((...))))))))))...((..)))).....))))))))))...(......((((....))))....) | 16S_rRNA |
16S_rRNA-B.burgdorferi_domain3 | UCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGAUACGCGAGGAACCUUACCAGGGCUUGACAUAUAUAGGAUAUAGUUAGAGAUAAUUAUUCCCCGUUUGGGGUCUAUAUACAGGUGCUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGCUGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUUAUCUGUUACCAGCAUGUAAUGGUGGGGACUCAGAUAAGACUGCCGGUGAUAAGUCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGGCCCUUAUGUCCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCCUGUACAAAGCGAAGCGAAACAGUGAUGUGAAGCAAAACGCAUAAAGCAGGUCUCAGUCCGGAUUGAAGUCUGAAACUCGACUUCAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGUAUAUCAGAAUGAUACGGUGAAUACGUUCUCGGGCCUUGU | ............(((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))) | 16S_rRNA |
16S_rRNA-B.burgdorferi_domain4 | ACACACCGCCCGUCACACCACCCGAGUUGAGGAUACCCGAAGCUAUUAUUCUAACCCGUAAGGGAGGAAGGUAUUUAAGGUAUGUUUAGUGAGGGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAAGUGCGGCUGGAUCACCUC | .....(.(..((...((((.(((..((((((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...))))).))))))..))).))))....))...)..).((((((((((....))))))))))......... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-B.subtilis_domain1 | UUUAUCGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGCGGACAGGUGGGAGCUUGCUCCCGAUGUUAGCGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGGGUAACCUGCCUGUAAGACUGGGAUAACUCCGGGAAACCGGGGCUAAUACCGGAUGGUUGUUUGAACCGCAUGGUUCAAACAUAAAAGGUGGCUUCGGCUACCACUUACAGAUGGACCCGCGGCGCAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAACGGCUCACCAAGGCAACGAUGCGUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGGAGCAACGCCGCGUGAGUGAUGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAGCUCUGUUGUUAGGGAAGAACAAGUACCGUUCGAAUAGGGCGGUACCUUGACGGUACCUAACCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGUGGCAAGCGUUGUCCGGA | .........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((.(.((((((....)))))).)))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....)))))))))).....((((((....)))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))....((((((...(.....((((((((.......)))))))).....)....))))))......((((((((...(((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-B.subtilis_domain2 | AUUAUUGGGCGUAAAGGGCUCGCAGGCGGUUUCUUAAGUCUGAUGUGAAAGCCCCCGGCUCAACCGGGGAGGGUCAUUGGAAACUGGGGAACUUGAGUGCAGAAGAGGAGAGUGGAAUUCCACGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUGUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGACUCUCUGGUCUGUAACUGACGCUGAGGAGCGAAAGCGUGGGGAGCGAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAAGUGUUAGGGGGUUUCCGCCCCUUAGUGCUGCAGCUAACGCAUUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGACUGAAACUCA | .......(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((.......((((((.....)))))).....)))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((......))))))))))))...((..)))).....)))))).))).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-B.subtilis_domain3 | AAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGUCUUGACAUCCUCUGACAAUCCUAGAGAUAGGACGUCCCCUUCGGGGGCAGAGUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGAUCUUAGUUGCCAGCAUUCAGUUGGGCACUCUAAGGUGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGACCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGUUAAGCCAAUCCCACAAAUCUGUUCUCAGUUCGGAUCGCAGUCUGCAACUCGACUGCGUGAAGCUGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACAC | .......(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((....(((((....)))))...((((....))))))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-B.subtilis_domain4 | ACCGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGUCGGUGAGGUAACCUUUUAGGAGCCAGCCGCCGAAGGUGGGACAGAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU | ...(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.elegans | AAUAGGUUUGGUCCUAGCCUUUCUAUUAACUCUUAGUAGGAUUACACAUGCAAGCAUCCCCGCCCCAGUGAGUCACCCUCUAAAUCACCACGAUCAAAAGGAACAAGCAUCAAGUACGCAGAAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAGACAGCAGUGAUAAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCCAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCACACGAUUAACCCAAGCCAAUAGAAAUCGGCGUAAAGAGUGUUUUAGAUCAAUCCCCCAAUAAAGCUAAAAUUCACCUGAGUUGUAAAAAACUCCAGCUGAUAUAAAAUAAACUACGAAAGUGGCUUUAAUAUAUCUGAACACACAAUAGCUAGGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCCUAGCCCUAAACUUCAACAGUUAAAUUAACAAGACUGCUCGCCAGAACACUACGAGCCACAGCUUAAAACUCAAAGGACCUGGCGGUGCUUCACAUCCUUCUAGAGGAGCCUGUUCUGUAAUCGAUAAACCCCGAUCAACCUCACCACCUCUUGCUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUGACGAAGGCCACAAAGUAAGCACAAGUACCCACGUAAAGACGUUAGGUCAAGGUGUAGCCCAUGAGGUGGCAAGAAAUGGGCUACAUUUUCUACUUCAGAAAACUACGAUAACCCUUAUGAAACCUAAGGGUAGAAGGUGGAUUUAGCAGUAAACUAAGAGUAGAGUGCUUAGUUGAACAGGGCCCUGAAGCGCGUACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUACUUCAAAGGACAUUUAACUAAAACCCCUACGCAUCUAUAUAGAGGAGAUAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGGACGAAC | ...(((((...(((.))))).((((((..((.(((((((((...(((.(((..(......)......(((......(((....(((.....)))....)))....(((....(((..(((....))).)))......)))..((...))))).(.((....)).)...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).)))))).....((((((((.....(((.....((.))))).......)))..))))).))..))))))....(((((.....((((...(((............(((((((.....(((.((..(((......)))...)).))).....).....(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(.(((((......))..))))).).))).((.......((((....)))).....))...)))..(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((.......((.((((..((((((.(.(..((..(((((.....))).......))..)).....(((....)))...).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((.....)))).....(....(((((((.......)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((..(((.....................................)))...))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))....... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.elegans_domain1 | AAUAGGUUUGGUCCUAGCCUUUCUAUUAACUCUUAGUAGGAUUACACAUGCAAGCAUCCCCGCCCCAGUGAGUCACCCUCUAAAUCACCACGAUCAAAAGGAACAAGCAUCAAGUACGCAGAAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAGACAGCAGU | ...(((((.......))))).........................((.(((..(......)......(((......(((....(((.....)))....)))....(((....(((..(((....))).)))......)))..((...))))).(.((....)).)...))))) | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.elegans_domain2 | GAUAAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCCAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCACACGAUUAACCCAAGCCAAUAGAAAUCGGCGUAAAGAGUGUUUUAGAUCAAUCCCCCAAUAAAGCUAAAAUUCACCUG | ........(.(((...(((((....))))).))))...............((((((((.....(((.....((.))))).......)))..))))).................................................................. | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.elegans_domain3 | AGUUGUAAAAAACUCCAGCUGAUAUAAAAUAAACUACGAAAGUGGCUUUAAUAUAUCUGAACACACAAUAGCUAGGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCCUAGCCCUAAACUUCAACAGUUAAAUUAACAAGACUGCUCGCCAGAACACUACGAGCCACAGCUUAAAACUCAAAGGACCUGGCGGUGCUUCACAUCCUUCUAGAGGAGCCUGUUCUGUAAUCGAUAAACCCCGAUCAACCUCACCACCUCUUGCUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAA | .(((......)))....................(.((....)))..........................((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(.(((((..........))))).).....((.......((((....)))).....))................................................((((........))))............................................... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.elegans_domain4 | ACCCUGACGAAGGCCACAAAGUAAGCACAAGUACCCACGUAAAGACGUUAGGUCAAGGUGUAGCCCAUGAGGU | .((((.....))).......)..........(((....)))................................ | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.psittaci_domain1 | UUUUCUGAGAAUUUGAUCUUGGUUCAGAUUGAACGCUGGCGGCGUGGAUGAGGCAUGCAAGUCGAACGGAAUAAUGACUUCGGUUGUUAUUUAGUGGCGGAAGGGUUAGUAAUACAUAGAUAAUCUGUCCUCAACUUGGGAAUAACGGUUGGAAACGACCGCUAAUACCGAAUGUGGUAUGUUUAGGCAUCUAAAACAUAUUAAAGAAGGGGAUCUUCGGACCUUUCGGUUGAGGGAGAGUCUAUGGGAUAUCAGCUUGUUGGUGGGGUAAUGGCCUACCAAGGCUUUGACGUCUAGGCGGAUUGAGAGAUUGACCGCCAACACUGGGACUGAGACACUGCCCAGACUUCUACGGAAGGCUGCAGUCGAGAAUCUUUCGCAAUGGACGAAAGUCUGACGAAGCGACGCCGCGUGUGUGAUGAAGGCUCUAGGGUUGUAAAGCACUUUCGCUUGGGAAUAAGAGAGAUUGGCUAAUAUCCAAUCGAUUUGAGCGUACCAGGUAAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCUGCGGUAAUACGGAGGGUGCUAGCGUUAAUCGGA | ........(((((.......))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..((.((((((((((....)))))))))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((((((((((....))).)))))))....((((((..((....)))))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(......((((((.......)))))).......)....))))))..)...((((((((...(((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.psittaci_domain2 | UUUAUUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGAAAGGAAAGUUAGAUGUUAAAUCUUGGGGCUCAACCCCAAGCCAGCAUCUAAUACUAUCUUUCUAGAGGGUAGAUGGAGAAAAGGGAAUUCCACGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUGUGGAAGAACACCAGUGGCGAAGGCGCUUUUCUAAUUUACACCUGACGCUAAGGCGCGAAAGCAAGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCUUGCCGUAAACGAUGCAUACUUGAUGUGGAUAGUCUCAACCCUAUCCGUGUCGUAGCUAACGCGUUAAGUAUGCCGCCUGAGGAGUACACUCGCAAGGGUGAAACUCA | .......(((((.....((((.(.(((.((((((..(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)).))))))...(((((((((..((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((..)))).....)))))).))).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.psittaci_domain3 | AAAGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCAGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGGCUUGACAUGUAUUUGACCGCGGCAGAAAUGUCGUUUUCCGCAAGGACAGAUACACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCGUUAGUUGCCAACACUUAGGGUGGGAACUCUAACGAGACUGCCUGGGUUAACCAGGAGGAAGGCGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGGCCCUUAUGCCCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCCAGUACAGAAGGUAGCAAUAUCGUGAGAUGGAGCAAAUCCUCAAAGCUGGCCCCAGUUCGGAUUGUAGUCUGCAACUCGACUACAUGAAGUCGGAAUUGCUAGUAAUGGCGUGUCAGCUAUAACGCCGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACAC | .......(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....)))))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.psittaci_domain4 | ACCGCCCGUCACAUCAUGGGAGUUGGUUUUGCCUUAAGUCGUUGACUCAACCUGCAAAGGAGAGAGGCGCCCAAGGUGAGGCUGAUGACUGGGAUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCCUACCGGAAGGUGGGGCUGGAUCACCUCCUUU | ...(..((...((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............. | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.reinhardtii.chloro_domain1 | AUCCAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAGCAAAGCAAUUUGUGUAGUGGCGAACGGGUGCGUAACGCGUAAGAACCUACCUAUCGGAGGGGGAUAACAUUGGGAAACUGUUGCUAAUACCCCAUACAGCUGAGGAGUGAAAGGUGAAAAACCGCCGAUAGAGGGGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGGUAACGGCCUCCCAAGGCCACGAGCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUUCGCAAUGGGCGCAAGCGACGGAGCAAUGCCGCGUGCAGGAAGAAGGCCUGUGGGUCGUAAACUGCUUUUCUCAGAGAAGAAGUUCUGACGGUAUCUGAGGAAUAAGCACCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAGAGGGUGCAAGCGUUGUCCGGA | .........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..(((((....)))))...)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((.(((....))).))......)))).....(((....)))....(((.....))).)))))))..)).)))))))(((..(.(((..((((.((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(..((....))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...(((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.reinhardtii.chloro_domain2 | AUGAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGCUCGUAAAGUCUAAUGUCAAAUACCAGGGCUCAACCUUGGACCGGCAUUGGAGUACUCACGAGCUUGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUCCAUGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUAUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGCUCUGCUGGGCCGAAACUGACACUGAGAGACGAAAGCUGGGGGAGCGAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCCCAGCCGUAAACUAUGGAGACUAAGUGCUGCCGCAAGCAGUGCUGUAGCUAACGCGUUAAGUCUCCCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCA | .......(((((...(.((((.(.(((.((((((..(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)).))))))...(((.((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))..)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((.....))))))))...((..)))).....)))))))))).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.reinhardtii.chloro_domain3 | AAGGAAUUGACGGGACCGCACAAGCGGUGGAUUAUGUGGAUUAAUUCGAUACAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUGUCAAGAACCUCUCAGAAAUGGGAGGGUGCCCUAACGGACUUGAACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCUGUGAAGUGUAUAGUUAAGUCUCAUAACGAGCGCAACCCUCGUCUUUAGUUGCCAUUUGGUUCUCUAAAGAGACUGCCAGUGUAAGCUGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACAUCCUGGGCUUCACACGUAAUACAAUGGUUGGGACAAUCAGAAGCGACUCGUGAGAGCUAGCGGCUCUGUUAAACCCAACCUCAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUACAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCCAGUCAGCUAUAUGGCGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACAC | .......(((((((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((.....)).))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))....((......))....)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...).)))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.reinhardtii.chloro_domain4 | ACCGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUCUGCUCCAAGUCGUUACCCUAACCUUCGGGAGGGGGGCGCCUAAAGCAGGGCUAGUGACUAGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGGGCUACUGGAAGGUGGCCCUGGCUCACCUCCUUC | ...(..((.(.((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...))))))))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....))))))))))............. | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.reinhardtii.mito_domain1 | AAAUUAGAGUUUGGUGCUGGCUCAGCUUUCAUGCGCCGAGCGGUGGUUUAUACAUGCGAGCUUAAAAGAUUAAGGCCACGAGUGCGUAAUACGCGAGUUUAAAUUUAUUAUACAAAAGUUGCUAGGUGACCCAAUACGGGCAUCGGGCAAAACUCGCGUAGGAUUAGCGAGCUGGGUCGCGACGCCAAUACAGCGGCCCAUGGCUUAUCCUUAGCCUGUCUUAACGGUACUAGGCCACGGUGGCACUGAAAAGGGGCCACGGUUCUUAUGAACCCAGCAGUGUUGAAUUUUGGACAAUCGCUUGAACGGCGGAUCCAGAUGCUGCUUACAAAAUUGUUUGUGAACAC | ......(((((.......)))))..............((((((.......(((.(((..((((....................................................))))......(((.....((.((((............)))).))(((....((....(((((((..............)))))))..))....)))..((((..((....))....))))))).(((((...........))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((.....))))).))))....)))))).................... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.reinhardtii.mito_domain2 | CCCCCAAGCACGUGCCAGAAGGGUCGGUAAAACGUGCGGUGUCAGUAUAAAGCGUCUUGACUAGGCAGGCAGCGCGUCUGAGCGUUAAUGGUGAACACUUUAAACGUUGGGUAAUAUUCGGAGGAUCGGUCAAAUGAGAAUAUUCCGGAUGGAAAGCCGAAGGCGAAAGCACCAACAUCAGAGUCACUAAAGCUUCAACGCGUAAGUUUGGGUAGCGAACCGGAUUAGAGACCCGCAGUAGUCCAAACCGUCAACA | .......(((((....................)))))....................................((((..((((.............(((((..(.(((((.(..((((((((...(((......)))......))))))))..)........((....)).))))).).))))).......))))..))))....(((((((...(....(((.........))).....))))))))........ | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.reinhardtii.mito_domain3 | CAUUAUAGUUUUCAAAUCUAUAACGCCUGGUGAUACGGUGGCAACACUAUAAAUCAAAGCAAUUGGCAGCGAUAGAGAUGCGCGGUGGAAUAUGCUGUUUAAAUCGAAUUUACGCGCAAAAUCUUACCACUUUUUAUUAAAAUAGCUCUUGCAUUGCUGAAAAGUUCGAGCGGGACCUCGCCCUUAGUGCCGGUCUUUGCCACGUUUUCUGAACGGUCGAGCAAGUCAUCAUGGGGCUUAUAGAGUGGGCUACAGGCGUAUUACAUUGGACACCCACAAGUUGGAUACCAAAACUGUCCGAAUAUACGGAUUGGAGUAGCAAAACGAGAGAACUAUACAGUUCGUUUGCAUCGUUAUGCCUUGCUGAAACUAGCCUCCAUGAAGAAG | ..((((((.........)))))).....(((.....((((....))))....))).................................((((((((((......((........))..........(((((((...........((.((((..(.(((....((.(((((......)))............)).))......((.((.......)).))....)))....)))))))....)))))))...)).))))))))...(((((((......................))))))).....(....(((((..............(((.((.(((.....))).)).)))...................)))))....)... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-C.reinhardtii.mito_domain4 | GAAUCGCGAGUAAUCGUAGAUCAUUAGCGCUACGGUGAAGGUAACCUCUAUUGUGCACACAUUGCCCGUCACCUCCGAUAAUAGUAUUGUACAGGAAGAACUAUGGCUACACUUA | ............(((((((..........)))))))............................................................................... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-D.melanogaster_domain1 | AUUCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUUAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACACACGAAUUAAAAGUGAAACCGCAAAAGGCUCAUUAUAUCAGUUAUGGUUCCUUAGAUCGUUAACAGUUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCAAUUAAAACAUGAACCUUAUGGGACGUGUGCUUUUAUUAGGCUAAAACCAAGCGAUCGCAAGAUCGUUAUAUUGGUUGAACUCUAGAUAACAUGCAGAUCGUAUGGUCUUGUACCGACGACAGAUCUUUCAAAUGUCUGCCCUAUCAACUUUUGAUGGUAGUAUCUAGGACUACCAUGGUUGCAACGGGUAACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGUAAAUUACCCACUCCCAGCUCGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACAAUACAGGACUCAUAUCCGAGGCCCUGUAAUUGGAAUGAGUACACUUUAAAUCCUUUAACAAGGACCAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAA | ...(((((.......))))).(((.(((((((..(.((..((.....(((.(((..((....((....((.........))...)).))......(((.......(((..((..((....((((............(.((.....((.(((.....))).))......)).)........(((((..((....))..)))))....(((((........(((((.(((((....))))).....))))).........)))))........((((.((((.....))))))))...))))...))))..))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.(((..........))).)).(.((....)).)...)))))).).....(.(((...((((.....)))).)))).)...)).).....(((((((((.(((......)))..)))))).)))......(((.(...........)).)).........(((((((((....((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-D.melanogaster_domain2 | GUUGUUGCGGUUAAAACGUUCGUAGUUGAACUUGUGCUUCAUACGGGUAGUACAACUUACAAUUGUGGUUAGUACUAUACCUUUAUGUAUGUAAGCGUAUUACCGGUGGAGUUCUUAUAUGUGAUUAAAUACUUGUAUUUUUUCAUAUGUUCCUCCUAUUUAAAAACCUGCAUUAGUGCUCUUAAACGAGUGUUAUUGUGGGCCGGUACUAUUACUUUGAACAAAUUAGAGUGCUUAAAGCAGGCUUCAAAUGCCUGAAUAUUCUGUGCAUGGGAUAAUGAAAUAAGACCUCUGUUCUGCUUUCAUUGGUUUUCAGAUCAAGAGGUAAUGAUUAAUAGAAGCAGUUUGGGGGCAUUAGUAUUACGACGCGAGAGGUGAAAUUCUUGGACCGUCGUAAGACUAACUUAAGCGAAAGCAUUUGCCAAAGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGAGGUUCGAAGGCGAUCAGAUACCGCCCUAGUUCUAACCAUAAACGAUGCCAGCUAGCAAUUGGGUGUAGCUACUUUUAUGGCUCUCUCAGUCGCUUCCGGGAAACCAAAGCUUUUUGGGCUCCGGGGGAAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUA | .......(((((...(.((((...(((.......(((.((((..(((((((((((((.........)))).))))..)))))..))).).)))..............((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..))))..........((((((.((((((((......)))))))).)))))).......................................................................................................................................((((((.(((...((((..((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))..))))..))))).))))...)))...))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((.(((..(((((.(.(((((......)))))).)))))..)))...((..))))...))).....))))))).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-D.melanogaster_domain3 | AAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCGAACAUAAGUGUGUAAGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUCGAAUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUCGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCAAAUAUAUUAAAUAGAUAUCUUCAGGAUUAUGGUGCUGAAGCUUAUGUAGCCUUCAUUCAUGUUGGCAGUAAAAUGCUUAUUGUGUUUGAAUGUGUUUAUGUAAGUGGAGCCGUACCUGUUGGUUUGUCCCAUUAUAAGGACACUAGCUUCUUAAAUGGACAAAUUGCGUCUAGCAAUAAUGAGAUUGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCUGGGCUGCACGCGCGCUACAAUGAAAGUAUCAACGUGUAUUUCCUAGACCGAGAGGUCCGGGUAAACCGCUGAACCACUUUCAUGCUUGGGAUUGUGAACUGAAACUGUUCACGAUGAACUUGGAAUUCCCAGUAAGUGUGAGUCAUUAACUCGCAUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACAC | .......(((((.(((((((..((..((((((.(((.((((((....((((........))))........(((((.(...((((.........((.(((........))).)).......))))...((.((((..((((((((....(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((.((((..((.((.(((.(.(((.......................................................................................................))).).)))....)).))..))))))).....(((((.....)))))........))))....))).)))...).))))))).....).)))))...)).)))).))).)...((((((......(((.....((..((((....))))..)).....)))......))))))......(....((((((.........))))).)....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-D.melanogaster_domain4 | ACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUUAUUUAGUGAGGUCUCCGGACGUGAUCACUGUGACGCCUUGCGUGUUACGGUUGUUUCGCAAAAGUUGACCGAACUUGAUUAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA | .(.(..((.(..((((..(..((((((.(((.(((..((((..(....((((.(((((((((((.....))))))))).)).).)))....)..))))..))).))).))))))..).))))...).))...)..).((((((((((....))))))))))........ | 16S_rRNA |
16S_rRNA-E.coli_domain1 | AAAUUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGAAGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUUGACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGA | ........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((..((((((((((....))))))).)))))..)))))......(((......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))....((((((..((....)))))))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(.(.(((((...(....((((((((.......)))))))).....)....)))))...))..((((((((...(((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-E.coli_domain2 | AUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCA | .......(((((...(.((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((.....))))))))))))...((..)))).....)))))))))).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-E.coli_domain3 | AAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACAC | .......(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....))))))).(.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-E.coli_domain4 | ACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCACCUCCUUA | .(.(..((.(.((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..).))...)..).((((((((((....))))))))))............. | 16S_rRNA |
16S_rRNA-F.ananassa_domain1 | UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUGUAAGUAUGAACUAAUUCAGACUGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUAGUUUGUUUGAUGGUAUCUACUACUCGGAUAACCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACGUGCAACAAAUCCCGACUUCUGAGAAGGGAUGCAUUUAUUAGAUAAAAGGUCAACGCGGGCUCUGCUCGCAUUGAUGAUUCAUGAUAACUCGACGGAUCGCACAGCCUUUGUGCUGGCGACGCAUCAUUCAAAUAUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUAGGAUAGUGGCCUACCAUGGUGGUGACGGGUGACGGAGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGACACGGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACAAUACCGGGCUCUUUGAGUCUGGUAAUUGGAAUGAGUACAAUCUAAAUCCCUUAACGAGGAUCCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUUAA | ...(((((.......))))).(((.(((((((..(.(...((.....(((.(((..((...(((....((...........))...)))))......(((.......(((..((..((....(((............(.((.....(..(((.....)))..)......)).)......(((((..((....))..)))))....((((((........((((..((((((...))))))..))))......)))))).........((((.((((......))))))))....)))...))))..))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.(((..........))).)).(.((....)).)...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)....).).....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((.(...........)).)).........(((((((((....((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-F.ananassa_domain2 | GUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGACCUUGGGUUGGGUCGACCGGUCCGCCUUAUGGUGUGCACCGGUCGGCUCGUCCCUUCUACCGGCGAUACGCUCCUGGCCUUAACUGGCCGGGUCGUGCCUCCGGUGCUGUUACUUUGAAGAAAUUAGAGUGCUCAAAGCAAGCCUACGCUCUGGAUACAUUAGCAUGGGAUAACAUCAUAGGAUUUCGGUCCUAUUCUGUUGGCCUUCGGGAUCGGAGUAAUGAUUAACAGGGACAGUCGGGGGCAUUCGUAUUUCAUAGUCAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUUAUGAAAGACGAACAACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUGGGGGCUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCCUAGUCUCAACCAUAAACGAUGCCGACCAGGGAUCGGCGGAUGUUACUUUUAGGACUCCGCCGGCACCUUAUGAGAAAUCAAAGUUUUUGGGUUCCGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUA | .......(.(((...(.(.((...((((......(((.(((((((((((((.(((........))).))))))))))))).)))....(((((...((((..(((((((......))))))).))))...))))).............................................................................................................................((((((.((...((((..((..((((((((...(((......)))......))))))))..)).......((....))...))))..)).)).))))..))))...)).)....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((.(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((..))))...)))....))))).).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-F.ananassa_domain3 | AAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUUACCAGGUCCAGACAUAGUAAGGAUUGACAGACUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUCAGCCUGCUAACUAGCUAUCGGGAGGUCUCCUCGGGCCAGCUUCUUAGAGGGACUAUGGCCGCUUAGCGAACCAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUCAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGAUGUAUUCAACGAGUCUAUAGCCUUGGCCGACCACGGGGUAAUCUUUGAAAUUUCAUCGUGAUGGGGAUAGAUCAUUGCAAUUGUUGGUCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGCGAGUCAUCAGCUCGCGUUGACUACGUCCCUGCCCUUUGUACAC | .......(((((.(((((((..((..((((((.(((.(((((....((((........))))........(((((.(....(((((........((.(((........))).))......)))))...((.((((..((((((((....(((.(((((....)))...(((......)))...)).))).....((((.(((.((((..((((..(((((....))).))....))))..))))))).....(.((......)).)........)))).....))).)))...).))))))).....).)))))...))..))).))).)...((((.(......(((.......((..(........)..))....)))......).))))......(....((((((..........))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-F.ananassa_domain4 | ACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAAUGGUCCGGUGAAGUUGUUCGGAUCGCGGCGACGGGGGGCCGGUUCGCUGCCCGCGACGUCGCGAGAAGUUCCACUGAACCUUAUCAUUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUG | .(.(..((.(.(((((.((..(.(((((((..(((..(((.(..(...((((((((.((.(((..(((....)))))).)).))))))))...)..).)))..)))..))))))))..)).)))))..).))...)..).((((((((((....))))))))))........ | 16S_rRNA |
16S_rRNA-G.intestinalis_domain1 | CAUCCGGUCGAUCCUGCCGGAGCGCGACGCUCUCCCCAAGGACGAAGCCAUGCAUGCCCGCUCACCCGGGACGCGGCGGACGGCUCAGGACAACGGUUGCACCCCCCGCGGCGGUCCCUGCUAGCCGGACACCGCUGGCAACCCGGCGCCAAGACGUGCGCGCAAGGGCGGGCGCCCGCGGGCGAGCAGCGUGACGCAGCGACGGCCCGCCCGGGCUUCCGGGGCAUCACCCGGUCGGCGCGGUCGCGGCGCGCCGAGGGCCCGACGCCUGGCGGAGAAUCAGGGUUCGACUCCGGAGAGCGGGCCUGCGAGACGGCCCGCACAUCCAAGGACGGCAGCAGGCGCGGAACUUGCCCAAUGCGCGGCGCGCGAGGCAGCGACGGGGAGCGCGCGAGCGAGGCGGGCCCACAGCCCCCGCCGCGGAGCCGAGGGCAAGGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCGGCGAGCGUCGCGCGG | ...(((((.......))))).((((((((((.(((((..((.....(((.(((..((.(((...........)))))......(((.......(((..(...((...((((..............((.....((((((....))))))......))..................................................))))..)).)..))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).(((((((........))))))).(.((....)).)...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)...)))))..((....))..((((((.........)))))).....(((((((((.....((((.....((.))))).......)))))))))).)))))))))).. | 16S_rRNA |
16S_rRNA-G.intestinalis_domain2 | CGCUGCUGCAGUUGAAACGCCCGUAGUUGGCCCCCCGCCGCCACGAGGAAACGGGAGCGCUCCAGGCAGGCCCGUUGGACCCGCCGCGUGGGACCGCGCAGCGGGCCGGCGCGCCGCGGCAGCCCCGAGGAGAGCGGGCGGGGGCACCGGUACCGGCCGGGGACGGGUGAAACAGGAUGAUCCCGCCGAGACCGCCGGCCGCGCAGGCGCCUGCCAAGACCGCCUCUGUCAAUCAAGGGCGAAGGCCGGGGGCUAGAAGGCGAUCAGACACCACCGUAUUCCCGGCCGUAAACGGUGCCGCCCCGCGGCCGGCGCGCGCGUCCCGCCGGCCGCCCAGGGAAACCGGGAGGCUCCGGGCUCUGGGGGGAGUAUGGCCGCAAGGCUGAAACUUG | ........(((((.....((((...(((............(((((.........................................))))).........((((((....)).)))).............(((((((.(...((((..((...((((.((...(.(......).)......)).))))...)).......((....))...))))..).)))).)))...)))...))))....((((((....(...((.(.........).))...).))))))..........((((((..(((.((((((.........)))))).)))...((..))))....)))....))).))).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-G.intestinalis_domain3 | AAGGCAUUGACGGAGGGGUACCACCAGACGUGGAGUCUGCGGCUCAAUCUGACUCAACGCGCGCACCUCACCAGGCCCGGACGCGCGGAGGACCGACAGCCGGGCGCGCUUUCGCGAUCGCGCGGGCGGUGGUGCAUGGCCGCUCCCAGCCCGUGGCGCGAGCCGUCUGCUCCAUUGCGACAACGAGCGAGACCCCGGCCGCGGGCGCCGCGGGACGGCCCGCGCGAGCGGGAGGACGGCGGGGCGAUAGCAGGUCUGUGAUGCCCUCAGACGCCCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGGCGGGGCCAGCCGGCGCGCGCGAGGACGCGCGGAGCCCCCGCCGUGGCCGGGACCGCGGGCUGGAACGCCCCCGCGCACCAGGAAUGUCUUGUAGGCGCCCGCCCCCACCGCGCGCCGGACGCGUCCCUGCCCCUUGUACAC | .......(((((.(((((((..((..((((((.(((.((((((....(.((........)).).......(((((.(....(((((.......(((.(((.......))).))).....)))))...((.((((..((((((((....((.((((((....)))...(((......)))...))).)).....((((.((((((...))))))..(..(((((....)))))..)....)))).....))).)))...).))))))).....).)))))...)).)))).))).)...((((((.....((((((..(....)..))).)))....))))))......(....((.((((......)))).))....).....))))).....(((((.((.......)).)))))......))...)))))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-G.intestinalis_domain4 | ACCGCCCGUCGCUCCUACCGACUGGGCGCGGCGGCGAGCGCCCCGGACGCGCGAAGGGCCGCGAGCCCCCGCGCCUGGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUAUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAUGGAUCCCUC | ...(..((.(.(((((.((..(.((((((((.(((..(((.(((...........))).)))..))).)))))))))..)).)))))..).))...)....((.((((((((....))))))))))........ | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.sapiens.mito | AAUAGGUUUGGUCCUAGCCUUUCUAUUAGCUCUUAGUAAGAUUACACAUGCAAGCAUCCCCGUUCCAGUGAGUUCACCCUCUAAAUCACCACGAUCAAAAGGAACAAGCAUCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCACACGAUUAACCCAAGUCAAUAGAACCCGGCGUAAAGAGUGUUUUAGAUCACCCCCUCCCCAAUAAAGCUAAAACUCACCUGAGUUGUAAAAAACUCCAGUUGACACAAAAUAGACUACGAAAGUGGCUUUAACAUAUCUGAACACAGAAUAGCUAAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACCUCAACAGUUAAAUCAACAAAACUGCUCGCCAGAACACUACGAGCCACAGCUUAAAACUCAAAGGACCUGGCGGUGCUUCAUAUCCCUCUAGAGGAGCCUGUUCUGUAAUCGAUAAACCCCGAUCAACCUCACCACCUCUUGCUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUGAUGAAGGCUACAAAGUAAGCGCAAGUACCCACGUAAAGACGUUAGGUCAAGGUGUAGCCCAUGAGGUGGCAAGAAAUGGGCUACAUUUUCUACCCCAGAAAACUACGAUAGCCCUUAUGAAACUUAAGGGUCGAAGGUGGAUUUAGCAGUAAACUAAGAGUAGAGUGCUUAGUUGAACAGGGCCCUGAAGCGCGUACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUACUUCAAAGGACAUUUAACUAAAACCCCUACGCAUUUAUAUAGAGGAGACAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGGACGAAC | ...(((((...(((.))))).((((((.(((.(((((((((...(((.(((..(......)......(((.......(((....(((.....)))....)))....(((....(((..(((....))).)))......)))..((...)))))...((....)).....)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).)))))).....((((((((.....(((.....((.))))).......)))..))))).))).))))))....(((((......(((...(((...............(((((((.....(((.((..(((......)))...)).))).....).....(.((....))))))))).....)))....))).....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(.(((((......))..))))).).))).((.......((((....)))).....))...)))..(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((.......((.((((..((((((.(.(..((..(((((.....))).......))..)).....(((....)))...).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((.....)))).....(..(.(((((((.......))))))).)..).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((...((.......................................))..))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))....... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.sapiens.mito_domain1 | AAUAGGUUUGGUCCUAGCCUUUCUAUUAGCUCUUAGUAAGAUUACACAUGCAAGCAUCCCCGUUCCAGUGAGUUCACCCUCUAAAUCACCACGAUCAAAAGGAACAAGCAUCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCACACGAUUAACCCAAGUCAAUAGAA | ...(((((.......))))).((((((.(((.(((((((((...(((.(((..(......)......(((.......(((....(((.....)))....)))....(((....(((..(((....))).)))......)))..((...)))))...((....)).....)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).)))))).....((((((((.....(((.....((.))))).......)))..))))).))).)))))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.sapiens.mito_domain2 | CCCGGCGUAAAGAGUGUUUUAGAUCACCCCCUCCCCAAUAAAGCUAAAACUCACCUGAGUUGUAAAAAACUCCAGUUGACACAAAAUAGACUACGAAAGUGGCUUUAACAUAUCUGAACACAGAAUAGCUAAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACCUCAACAGUUAAAUCAACAAAACUGCUCGCCAGAACACUACGAGCCACAGCUUAAAACUCA | ...(((((......(((...(((...............(((((((.....(((.((..(((......)))...)).))).....).....(.((....))))))))).....)))....))).....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(.(((((......))..))))).).))).((.......((((....)))).....)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.sapiens.mito_domain3 | AAGGACCUGGCGGUGCUUCAUAUCCCUCUAGAGGAGCCUGUUCUGUAAUCGAUAAACCCCGAUCAACCUCACCACCUCUUGCUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUGAUGAAGGCUACAAAGUAAGCGCAAGUACCCACGUAAAGACGUUAGGUCAAGGUGUAGCCCAUGAGGUGGCAAGAAAUGGGCUACAUUUUCUACCCCAGAAAACUACGAUAGCCCUUAUGAAACUUAAGGGUCGAAGGUGGAUUUAGCAGUAAACUAAGAGUAGAGUGCUUAGUUGAACAGGGCCCUGAAGCGCGUACAC | .......(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((.......((.((((..((((((.(.(..((..(((((.....))).......))..)).....(((....)))...).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((.....)))).....(..(.(((((((.......))))))).)..).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.sapiens.mito_domain4 | ACCGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUACUUCAAAGGACAUUUAACUAAAACCCCUACGCAUUUAUAUAGAGGAGACAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGGACGAAC | ...(..((.(...((((((...((.......................................))..))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))....... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.sapiens_domain1 | UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACGCACGGCCGGUACAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUGGUUCCUUUGGUCGCUCGCUCCUCUCCUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCCGACGGGCGCUGACCCCCUUCGCGGGGGGGAUGCGUGCAUUUAUCAGAUCAAAACCAACCCGGUCAGCCCCUCUCCGGCCCCGGCCGGGGGGCGGGCGCCGGCGGCUUUGGUGACUCUAGAUAACCUCGGGCCGAUCGCACGCCCCCCGUGGCGGCGACGACCCAUUCGAACGUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUAGUCGCCGUGCCUACCAUGGUGACCACGGGUGACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCCGACCCGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACAAUACAGGACUCUUUCGAGGCCCUGUAAUUGGAAUGAGUCCACUUUAAAUCCUUUAACGAGGAUCCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAA | ...(((((.......))))).((.(((((((..(.((..((.....(((.(((..((...(((....((..........))...)))))......(((.......(((...(..((....(((..................(.((.....((.(((.....))).))......)).).......((((...((((((....))))))...))))....(((((........(((((.((((...((((.((((((((....))))))))..)))).)))).....))))).......)))))...........((((.((((......))))))))....)))...)))...))).(((....(((....(((((((.........))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.(((..........))).)).(.((....)).)...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)...)).).....(((((((((.(((....)))..)))))).)))......((..(...........)..)).........(((((((((....((((.....((.))))).......)))))))))).))))))).))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.sapiens_domain2 | GUUGCUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUCUUGGGAGCGGGCGGGCGGUCCGCCGCGAGGCGAGCCACCGCCCGUCCCCGCCCCUUGCCUCUCGGCGCCCCCUCGAUGCUCUUAGCUGAGUGUCCCGCGGGGCCCGAAGCGUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCCCGAGCCGCCUGGAUACCGCAGCUAGGAAUAAUGGAAUAGGACCGCGGUUCUAUUUUGUUGGUUUUCGGAACUGAGGCCAUGAUUAAGAGGGACGGCCGGGGGCAUUCGUAUUGCGCCGCUAGAGGUGAAAUUCCUUGGACCGGCGCAAGACGGACCAGAGCGAAAGCAUUUGCCAAGAAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUCGGAGGUUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUUCCGACCAUAAACGAUGCCGACCGGCGAUGCGGCGGCGUUAUUCCCAUGACCCGCCGGGCAGCUUCCGGGAAACCAAAGUCUUUGGGUUCCGGGGGGAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUA | .......(.(((.....(.((...(((.......(((.(((((((((((((.((((....))))....))))))))..)))))))).......((((.(((((...(((((((......)))))))....)))))))))................................................................................................................................((((((..(...((((..((..((((((((...(((......))).......))))))))..)).......((....))...))))..)..)).))))...)))...)).)....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((.(((..(.((((((.(((((....))))))))))).)..)))...((..))))...)))....))).).)..(((.....((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.sapiens_domain3 | AAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAACCUCACCCGGCCCGGACACGGACAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUCGAUUCCGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCUGGCAUGCUAACUAGUUACGCGACCCCCGAGCGGUCGGCGUCCCCCAACUUCUUAGAGGGACAAGUGGCGUUCAGCCACCCGAGAUUGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCGGGGCUGCACGCGCGCUACACUGACUGGCUCAGCGUGUGCCUACCCUACGCCGGCAGGCGCGGGUAACCCGUUGAACCCCAUUCGUGAUGGGGAUCGGGGAUUGCAAUUAUUCCCCAUGAACGAGGAAUUCCCAGUAAGUGCGGGUCAUAAGCUUGCGUUGAUUAAGUCCCUGCCCUUUGUACAC | .......(((((.(((((((..((..((((((.(((.((((((....((((........))))........(((((.(....(((((........((.(((........))).))......)))))...((.((((..((((((((....(((.(((((....)))...(((......)))...)).))).....(.((.(.(.((((..((((....(((..((((....)))).)))....))))..))))).)..(..(((((.....)))))..)....)).)....))).)))...).))))))).....).)))))...)).)))).))).)...((.(((......(((.......((..((((....))))..)).....)))......))).))......(.....(((((..........))))).....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.sapiens_domain4 | ACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGUUUAGUGAGGCCCUCGGAUCGGCCCCGCCGGGGUCGGCCCACGGCCCUGGCGGAGCGCUGAGAAGACGGUCGAACUUGACUAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA | ...(..((.(..((((.((..(.((((((((.(((..((((.((...(((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))...)).))))..))).)))))))))..)).))))...).))...)....((((((((((....))))))))))........ | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.volcanii_domain1 | AUUCCGGUUGAUCCUGCCGGAGGUCAUUGCUAUUGGGGUCCGAUUUAGCCAUGCUAGUUGCACGAGUUCAUACUCGUGGCGAAAAGCUCAGUAACACGUGGCCAAACUACCCUACAGAGAACGAUAACCUCGGGAAACUGAGGCUAAUAGUUCAUACGGGAGUCAUGCUGGAAUGCCGACUCCCCGAAACGCUCAGGCGCUGUAGGAUGUGGCUGCGGCCGAUUAGGUAGACGGUGGGGUAACGGCCCACCGUGCCGAUAAUCGGUACGGGUUGUGAGAGCAAGAGCCCGGAGACGGAAUCUGAGACAAGAUUCCGGGCCCUACGGGGCGCAGCAGGCGCGAAACCUUUACACUGCACGCAAGUGCGAUAAGGGGACCCCAAGUGCGAGGGCAUAUAGUCCUCGCUUUUCUCGACCGUAAGGCGGUCGAGGAAUAAGAGCUGGGCAAGACCGGUGCCAGCCGCCGCGGUAAUACCGGCAGCUCAAGUGAUGACCGAU | ...(((((.......))))).((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..((((((....)))))))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((((((..((......)).)))))))......((....)).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)))))))))..((((((((.....)))))))).(..(((((((.......)))))))..)...(((((((((....((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.volcanii_domain2 | AUUAUUGGGCCUAAAGCGUCCGUAGCCGGCCACGAAGGUUCAUCGGGAAAUCCGCCAGCUCAACUGGCGGGCGUCCGGUGAAAACCACGUGGCUUGGGACCGGAAGGCUCGAGGGGUACGUCCGGGGUAGGAGUGAAAUCCCGUAAUCCUGGACGGACCACCGAUGGCGAAAGCACCUCGAGAAGACGGAUCCGACGGUGAGGGACGAAAGCUAGGGUCUCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUAGCUGUAAACGAUGCUCGCUAGGUGUGACACAGGCUACGAGCCUGUGUUGUGCCGUAGGGAAGCCGAGAAGCGAGCCGCCUGGGAAGUACGUCCGCAAGGAUGAAACUUA | .......(((((.....((((.(.(((.((((((..(((((((((((....(((((((.....)))))))...)))))))))..)).))))))...((((((.....(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..)).......((....)).)))))))....))).)))...))))..))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...((..)))).....)))))).))).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.volcanii_domain3 | AAGGAAUUGGCGGGGGAGCACUACAACCGGAGGAGCCUGCGGUUUAAUUGGACUCAACGCCGGACAUCUCACCAGCUCCGACUACAGUGAUGACGAUCAGGUUGAUGACCUUAUCACGACGCUGUAGAGAGGAGGUGCAUGGCCGCCGUCAGCUCGUACCGUGAGGCGUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCGCACUUCUAAUUGCCAGCAGCAGUUUCGACUGGCUGGGUACAUUAGAAGGACUGCCGCUGCUAAAGCGGAGGAAGGAACGGGCAACGGUAGGUCAGUAUGCCCCGAAUGAGCUGGGCUACACGCGGGCUACAAUGGUCGAGACAAUGGGUUGCUAUCUCGAAAGAGAACGCUAAUCUCCUAAACUCGAUCGUAGUUCGGAUUGAGGGCUGAAACUCGCCCUCAUGAAGCUGGAUUCGGUAGUAAUCGCAUUUCAAUAGAGUGCGGUGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACACA | .......(((((.(((((((..((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((((((.....(((.(((.......))).)))....))))))))...((.((((..(((((((((...((((((.((....))...((((......))))..)))))).....(((..(((((((...((..(((((((....)))).)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))......)))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).)).. | 16S_rRNA |
16S_rRNA-H.volcanii_domain4 | CCGCCCGUCAAAGCACCCGAGUGAGGUCCGGAUGAGGCCACCACACGGUGGUCGAAUCUGGGCUUCGCAAGGGGGCUUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAAUCUGCGGCUGGAUCACCUCCUG | ..(..((...((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............ | 16S_rRNA |
16S_rRNA-M.polymorpha_domain1 | AUCAUACUCAAAAAAAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAAUGAACGCUAGCGAUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGUUGUUUUCGUCCUUACGUGUUGAAGGUUGCAUUCGGAGAAGAAAACCUUUUUUCUUCUCUGAGCUGCUCAACUUUUAAUCAGUUGAGCCUGCGGCCUCCAAUCAACCGUGAGAAUCGUUGAAAACAAAGUGGCGAACGGGCGAGUAAUAUGUGGGAAUCUGCCAAACAGUUUGGGACAAAUCCCGAAUAAACGAAAGCUAAAAGGCGCUGUUUGAUGAGCCUACAAAGCAUCAGGUAGUUGGUUAGGUAAAGGCUGACCAAGCCAACGACGCUUAGCGGGUCUGUUAGGACGAUCCGCCGCACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCCACGGGAGGCUGCAGUGGGGAAUCUUGGACAAUGGGCGAAAGCCUGAUCCAGCAAUAUGGCGUGAGUGAAGAAGGGCAAUGCAGCUUGUAAAGCUCUUUCGUCGAGUA | .................(((((.......))))).............((.(((((.....(((.(((..(((..((.(((.(((((.............................................................................................................)).)))))).)))))......(((.......((((((..((...(((((((.((((((....))))))..........(((....))).)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))).))..((((......((((......)))).....))))............ | 16S_rRNA |
16S_rRNA-M.polymorpha_domain2 | UGCGAUUAUGACAAGACUCGAAGAAGAAGCCCCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACGGGGGGGGCAAGUGUUAUUCGGAAUGACUAGGCGUAAAGGGCACGUAGGCGGUGAAUCCAGUUGAAAGUGAAAGUCGCCAGCUCAACUGGCGGAAUGCUUUCAAAACCAAUUUACUAGAGUAAGGCAUAGAGGAAAGCGGAAUUUCGUGUGUAGCGAUAAAAUGCAAAAAUAUACGAAGGAACGCCAAAAGCGAAGGCAGCUUUCUGGUUCUUUAACUGACGCUAAAGUGCGAAAGCAUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCAUGCUGUAAACGAUGA | .(.........)................(((((......(((((....................))))))))))...............................((((...((((((((((...((((((((((.....(((((.......)))))...)))))))))..)..)))))).....(((((.(....((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))...)))))).....))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))............ | 16S_rRNA |
16S_rRNA-M.polymorpha_domain3 | GUGUUCGUUCUUGGUCUACUGAUAUCGCACUCUUUUGGGCUGACUUAAGCUCGGCUUAAUGCUUAAAUUACUGCAAAGGUAGUGUGACUCGAUUGUUUUCUUCAAGUUCCAACAAUCGUGAAAAAUAUGUGAUGAUCAGGGGCUGAGCUAACGCGUUAAACACUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGGCUGAAACUCAAAGAAUUGACGGGGGCCUGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUUCAACGCGCAAAACCUUACCAGCCCUUGACAUAUGAAUAAGUGUGCUUGUCCUUAACGGGAUGGUACGAAAAUUCAUACAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCUUGAGACGUUGGGUUAAGUCCUAUAACGAGCGCAACCCUUGUUUUGUGUUGCUAAGACAUGCUUUGGUUCAAUCCUUGACCACUGGAGACUGACGAAGACUACGCCGUGAAAAUGGAGGAUACCGA | .((((.((((((((((.....................................................................................................................))))))))))...((....))....))))........(((......((((....))))....)))..............................................(.((........)).).....................((((((........(((((.....)))))............)))))).......................(((((((((....)))..((((......))))..))))))............................................................................................... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-M.polymorpha_domain4 | CGAGCUAAGUUUUUGCAAACGCCGUGUGGCUCAUUCUGAAAAGAAUAUGACCAUACAAAGUUUUCAUACGGUAUUCUCCGACGAACGAAGCUCUCAGAGCAUUGUACACUUCACACUGAGGAACUCGAUCUUAGUCAAAAUGA | ............................................................................................................................................... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-P.occultum_domain1 | ACUCCGGUUGAUCCUGCCGGGCCCGACCGCUAUCGGGGUGGGACUAAGCCAUGGGAGUCGUGCGCCCCCGGACGCGGGGGCGCGGCGGACGGCUGAGUAACACGUGGCCAACCUACCCUCGGGACGGGGAUAACCCCGGGAAACUGGGGCUAAUCCCCGAUAGGCGAGGGGGCCUGGAACGGGUCCCUCGCCGAAAGGGCGCGCGGAGCCUCCCCGCGCGCCGCCCGAGGAUGGGGCUGCGGCCCAUCAGGUAGUUGGCGGGGUAACGGCCCGCCAAGCCGAUAACGGGUAGGGGCCGUGAGAGCGGGAGCCCCCAGAUGGGCACUGAGACAAGGGCCCAGGCCCUACGGGGCGCACCAGGCGCGAAACCUCCGCAAUGCGGGCAACCGUGACGGGGUCACCCCGAGUGCCGCCGAUAAGGCGGCUGUUCCCCGCUGUAGGAAGGCGGGGGAGUAAGCGGGGGGCAAGUCUGGUGUCAGCCGCCGCGGUAAUACCAGCCCCGCGAGCGGUCGGGAUG | ...(((((.......))))).((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..(((((((((....))))))))))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((((((..((.......)).)))))))......(((((((((.......))))))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..(((.((((....))))....)))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)))))))))..((((((.....))))))....(((((((.......)))))))......(((((((((....((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-P.occultum_domain2 | AUUACUGGGCCUAAAGCGCCCGUAGCCGGCCCGGUAAGUCCCCCCCUAAAGCCCCGGGCUCAACCCGGGGAGUGGGGGGGAUACUGCCGGGCUAGGGGGCGGGAGAGGCCGAGGGUACUCCCGGGGUAGGGGCGAAAUCCGAUAAUCCCGGGAGGACCACCAGUGGCGAAGGCGCUCGGCUGGAACGCGCCCGACGGUGAGGGGCGAAAGCCGGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCCGGCUGUAAACGAUGCGGGCUAGGUGUUGGGCGGGCUUGGAGCCCGCCCAGUGCCGCAGGGAAGCCGUUAAGCCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUA | .......(((((...(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))..)))))))))...((((((.....(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..)).......((....)).)))))))....))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...((..)))).....)))))))))).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-P.occultum_domain3 | AAGGAAUUGGCGGGGGAGCACCACAAGGGGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUGGAGUCAACGCCGGGAAUCUUACCGGGGGCGACAGCAGGAUGACGGCCAGGCUGACGACCUUGCCCGACACGCUGAGAGGAGGUGCAUGGCCGUCGCCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUCCGGUUAAGUCCGGCAACGAGCGAGACCCCCACCCCUAGUUGCUACCCCGGGGCCACCCCGGGGGCACACUAGGGGGACUGCCGCCGUCCAAGGCGGAGGAAGGAGGGGGCCACGGCAGGUCAGCAUGCCCCGAAUCCCCCGGGCUGCACGCGGGCUACAAUGGCGGGGACAGCGGGAUCCGACCCCGAAAGGGGGAGGCAAUCCCUUAAACCCCGCCGCAGUUGGGAUCGAGGGCUGCAACUCGCCCUCGUGAACGCGGAAUCCCUAGUAACCGCGCGUUAGCAUCGCGCGGUGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACAC | .......(((((.((.((((..((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.(......(((.(((.......))).)))...)..))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((((((...)))))))))....)))))))..((.(((.(......).))).)).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))).))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-P.occultum_domain4 | ACCGCCCGUCGCUCCACCCGAGCGGGGGAGGGGUGAGGCCCCGUCCCUCGCCAGGGCGGGGUCGAACCUCUCCCCCGCGAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCCU | .(.(..((...((((.(((..(((((((((((((..((((((((((.......))))))))))..)))))))))))))..))).))))....))...)..).((((((((((....))))))))))........... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-P.staleyi_domain1 | CAAUUGAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAAUGAACGUUGGCGGCAUGGAUUAGGCAUGCAAGUCGUGCGCGAUAUGUAGCAAUACAUGGAGAGCGGCGAAAGGGAGAGUAAUACGUAGGAACCUACCUUCGGGUCUGGGAUAGCGGCGGGAAACUGCCGGUAAUACCAGAUGAUGUUUCCGAACCAAAGGUGUGAUUCCGCCUGAAGAGGGGCCUACGUCGUAUUAGCUAGUUGGUAGGGUAAUGGCCUACCAAGGCAAAGAUGCGUAUGGGGUGUGAGAGCAUGCCCCCACUCACUGGGACUGAGACACUGCCCAGACACCUACGGGUGGCUGCAGUCGAGAAUCUUCGGCAAUGGGCGAAAGCCUGACCGAGCGAUGCCGCGUGCGGGAUGAAGGCCUUCGGGUUGUAAACCGCUGUCGUAGGGGAUGAAGUGCUAGGGGGUUCUCCCUCUAGUUUGAGCUGAACCUAGGAGGAAGGGCCGGCUAAUCUCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGAGAGGCCCAAACGUUAUUCGGA | ........(((((.......))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..((.(..((((((....))))))..).)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))...(.((.((...(.....((((((((....))))))))......)....))))....)..((((((((...(((((........))).........)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-P.staleyi_domain2 | UUUACUGGGCUUAAAGAGUUCGUAGGCGGUCUUGUAAGUGGGGUGUGAAAUCCCUCGGCUCAACCGAGGAACUGCGCUCCAAACUACAAGACUUGAGGGGGAUAGAGGUAAGCGGAACUGAUGGUGGAGCGGUGAAAUGCGUUGAUAUCAUCAGGAACACCGGAGGCGAAGGCGGCUUACUGGGUCCUUUCUGACGCUGAGGAACGAAAGCUAGGGGAGCAAACGGGAUUAGAUACCCCGGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGAGCACUGGACCGGAGCUCUGCACAGGGUUUCGGUCGUAGCGAAAGUGUUAAGUGCUCCGCCUGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUCA | .......(((((...(.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))...((..)))).....)))))))))).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-P.staleyi_domain3 | AAGGAAUUGACGGGGGCUCACACAAGCGGUGGAGGAUGUGGCUUAAUUCGAGGCUACGCGAAGAACCUUAUCCUAGUCUUGACAUGCUUAGGAAUCUUCCUGAAAGGGAGGAGUGCUCGCAAGAGAGCCUUUGCACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUCGGGUUAAGUCCCUUAACGAGCGAAACCCUUGUCCUUAGUUACCAGCGCGUCAUGGCGGGGACUCUAAGGAGACUGCCGGUGUUAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCCUCAUGGCCUUUAUGAUUAGGGCUGCACACGUCCUACAAUGGUGCACACAAAGCGACGCAAACUCGUGAGAGCCAGCUAAUCGCAAAAAAUGUACCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGCUGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGGUCAGCAUACCGCGGUGAAUAUGUUCCUGAGCCUUGUACAC | .......(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........)))).........(((((((......(((..(((..(((((((....))))))).(.(((....))).))))..)))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...((((((......(((..((...(((....)))...))....)))......))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-P.staleyi_domain4 | ACCGCCCGUCAAGCCACGAAAGUGGGGGGGACCCAACAGCGCUGCCGUAACCGCAAGGAACAAGGCGCCUAAGGUCAACUCCGUGAUUGGGACUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU | .(.(..(....((.(.(((..((((((..((((.....(((((...((..((....)).))..)))))....))))..))))))..))).).)).....)...)..).((((((((((....))))))))))............... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-S.cerevisiae_domain1 | UAUCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAGCAAUUUAUACAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUCGUUUAUUUGAUAGUUCCUUUACUACAUGGUAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCUUAAAAUCUCGACCCUUUGGAAGAGAUGUAUUUAUUAGAUAAAAAAUCAAUGUCUUCGGACUCUUUGAUGAUUCAUAAUAACUUUUCGAAUCGCAUGGCCUUGUGCUGGCGAUGGUUCAUUCAAAUUUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUAGGAUAGUGGCCUACCAUGGUUUCAACGGGUAACGGGGAAUAAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUAAUUCAGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACGAUACAGGGCCCAUUCGGGUCUUGUAAUUGGAAUGAGUACAAUGUAAAUACCUUAACGAGGAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAA | ...(((((.......))))).(((.(((((((..(.(...((.....(((.(((..((...(((....((..........))...)))))......(((.......(((..((..((....(((..............((((......((.(((.....))).))......))))......(((((..((....))..)))))....((((((........(((((.(((....)))...)))))......)))))).........((((.((((.....))))))))....)))...))))..))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.(((..........))).)).(.((....)).)...)))))).).....(.(((...((((.....)))).)))).)....).).....(((((((((((((....)))))))))).)))......(((.(...........)).)).........(((((((((....((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-S.cerevisiae_domain2 | GUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGAACUUUGGGCCCGGUUGGCCGGUCCGAUUUUUUCGUGUACUGGAUUUCCAACGGGGCCUUUCCUUCUGGCUAACCUUGAGUCCUUGUGGCUCUUGGCGAACCAGGACUUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCGUAUUGCUCGAAUAUAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACGUUUGGUUCUAUUUUGUUGGUUUCUAGGACCAUCGUAAUGAUUAAUAGGGACGGUCGGGGGCAUCAGUAUUCAAUUGUCAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUUAUUGAAGACUAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGACGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGAUCGAAGAUGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGGGAUCGGGUGGUGUUUUUUUAAUGACCCACUCGGCACCUUACGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAA | .......(((((...(.(.((...(((.......((((((.((((((((((.(((.....)))...)))))....))))).))))))....((((((....((..(((((.....)))))..))....)))))).............................................................................................................................((((((.((...((((..((..((((((.(...(((......)))......).))))))..)).......((....))...))))..)).)).))))...)))...)).)....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((.(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((..))))...)))....))))))).(((......((((....))))....))).. | 16S_rRNA |
16S_rRNA-S.cerevisiae_domain3 | AGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACACAAUAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUUUGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGCUUAAUUGCGAUAACGAACGAGACCUUAACCUACUAAAUAGUGGUGCUAGCAUUUGCUGGUUAUCCACUUCUUAGAGGGACUAUCGGUUUCAAGCCGAUGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGACGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGACGGAGCCAGCGAGUCUAACCUUGGCCGAGAGGUCUUGGUAAUCUUGUGAAACUCCGUCGUGCUGGGGAUAGAGCAUUGUAAUUAUUGCUCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGCAAGUCAUCAGCUUGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACAC | ......(((((.(((((((..((..((((((.(((.((((((....((((........))))........(((((.(....(((((........((.(((........))).))......)))))...((.((((..((((((((....(((.(((((....)))...(((......)))...)).))).....((((.(((.((((..(((((.((((((....))))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))).....))).)))...).))))))).....).)))))...)).)))).))).)...(((((((.....(((.....((..((((....))))..))....)))......)))))))......(....((((((..........))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-S.cerevisiae_domain4 | CGCCCGUCGCUAGUACCGAUUGAAUGGCUUAGUGAGGCCUCAGGAUCUGCUUAGAGAAGGGGGCAACUCCAUCUCAGAGCGGAGAAUUUGGACAAACUUGGUCAUUUAGAGGAACUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA | .(..((.(..((((.((..(.((((((((.(((..(.((..(...(((((((.((((.((((....)))).)))).)))))))...)..)).)..))).)))))))))..)).))))...).))...)....((((((((((....))))))))))........ | 16S_rRNA |
16S_rRNA-T.gondii_domain1 | AACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUUAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAGCUUUUAUACGGCUAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAACAGUUAUAGUUUAUUUGAUGGUCUUUACUACAUGGAUAACCGUGGUAAUUCUAUGGCUAAUACAUGCGCACAUGCCUCUUCCCCUGGAAGGCAGUGUUUAUUAGAUACAGAACCAACCCACCUUCCGGUGGUCCUCAGGUGAUUCAUAGUAACCGAACGGAUCGCGUUGACUUCGGUCUGCGACGGAUCAUUCAAGUUUCUGACCUAUCAGCUUUCGACGGUACUGUAUUGGACUACCGUGGCAGUGACGGGUAACGGGGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGAUUCAGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAACAACACUGGAAAUUUCAUUUCUAGUGAUUGGAAUGAUAGGAAUCCAAACCCCUUUCAGAGUAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAA | ...(((((.......))))).(((.(((((((..((((..((.....(((.(((..((...(((....((.........))...)))))......(((.......(((..((..((....((((...........((((.....((((((.....))))))......))))......(((((.(((....))))))))....((((((........(((...(((((....)))))......)))......)))))).........((((...(((....))).))))...))))...))))..))).(((....(((....((((((.(.......).)))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.(((..........))).)).(.((....)).)...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)...)))).....(((((((((((((...)))))))))).)))......(.(((...........))).).........(((((((((....((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-T.gondii_domain2 | GUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUUUCUGCUGGAAGCAGCCAGUCCGCCCUCAGGGGUGUGCACUUGGUGAAUUCUAGCAUCCUUCUGGAUUUCUCCACACUUCAUUGUGUGGAGUUUUUUCCAGGACUUUUACUUUGAGAAAAUUAGAGUGUUUCAAGCAGGCUUGUCGCCUUGAAUACUGCAGCAUGGAAUAAUAAGAUAGGAUUUCGGCCCUAUUUUGUUGGUUUCUAGGACUGAAGUAAUGAUUAAUAGGGACGGUUGGGGGCAUUCGUAUUUAACUGUCAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUUGUUAAAGACGAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAAGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGCUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGAGAUAGGAAAACGUCAUGCUUGACUUCUCCUGCACCUUAUGAGAAACCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUA | .......(((((...(.(.((...(((........................................................................................................................................................................................................................................((((((.((...((((..((..((((((.(...(((......)))......).))))))..)).......((....))...))))..)).)).))))...)))...)).)....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((.((...(((((.((.((((....)))))).)))))...))...(...)).)...)))....))))))).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-T.gondii_domain3 | AAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGCGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACAUAGGAAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUUAACCUGCUAAAUAGGAUCAGGAACUUCGUGUUCUUGUAUCACUUCUUAGAGGGACUUUGCGUGUCUAACGCAAGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCUGCACGCGCGCUACACUGAUGCAUCCAACGAGUUUAUAACCUUGGCCGAUAGGUCUAGGUAAUCUUGUGAGUAUGCAUCGUGAUGGGGAUAGAUUAUUGCAAUUAUUAAUCUUCAACGAGGAAUGCCUAGUAGGCGCAAGUCAGCACGUUGCGCCGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACAC | .......(((((.(((((((..((..((((((.(((.((((((....((((........))))........(((((.(....(((((........((.(((........))).))......)))))...((.((((..((((((((....(((.(((((....)))...(((......)))...)).))).....((((.(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))).....))).)))...).))))))).....).)))))...)).)))).))).)...(((((((.....(((.......((..((((....))))..))....)))......)))))))......(....((((((..........))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-T.gondii_domain4 | ACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGUUCCGGUGAAUUAUUCGGACCGUUUUGUGGCGCGUUCGUGCCCGAAAUGGGAAGUUUUGUGAACCUUAACACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUC | .(.(..((.(.(((((.((..(.(((((((..(((..((.(..(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)..).))..)))..))))))))..)).)))))..).))...)..).((((((((((....))))))))))........ | 16S_rRNA |
16S_rRNA-T.maritima_domain1 | UAUAUGGAGGGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAACACAUGCAAGUCGAGCGGGGGAAACUCCCUUCGGGGAGGAGUACCCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGGGUAACCUGCCCUCCGGAGGGGGAUAACCAGGGGAAACCCUGGCUAAUACCCCAUACGCUCCAUCAACGCAAGUUGGUGGAGGAAAGGGGCGUUUGCCCCGCCGGAGGAGGGGCCCGCGGCCCAUCAGGUAGUUGGUGGGGUAACGGCCCACCAAGCCGACGACGGGUAGCCGGCCUGAGAGGGUGGUCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUCUUGGACAAUGGGGGAAACCCUGAUCCAGCGACGCCGCGUGCGGGACGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACCGCUGUGGCGGGGGAAGAAUAAGGUAGGGAGGAAAUGCCCUACCGAUGACGGUACCCCGCUAGAAAGCCCCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGGGGCAAGCGUUACCCGGA | ........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((....(((((....))))).....))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))....((((((...(.....(((((((........))))))).....)....))))))......((((((((...(((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-T.maritima_domain2 | UUUACUGGGCGUAAAGGGGGCGUAGGCGGCCUGGUGUGUCGGAUGUGAAAUCCCACGGCUCAACCGUGGGGCUGCAUCCGAAACUACCAGGCUUGGGGGCGGUAGAGGGAGACGGAACUGCCGGUGUAGGGGUGAAAUCCGUAGAUAUCGGCAGGAACGCCGGUGGGGAAGCCGGUCUCCUGGGCCGACCCCGACGCUGAGGCCCGAAAGCCAGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUGGCUGUAAACGAUGCCCACUAGGUGUGGGGGGGUAAUCCCUCCGUGCUGAAGCUAACGCGUUAAGUGGGCCGCCUGGGGAGUACGCCCGCAAGGGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCGUGUGGUUUAAUUGGAUGCUAAGCCAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCGGU | .......(((((...(.((((.(.(((.(((((((..((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..).)))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((...))))))))))))...((..)))).....)))))))))).(((......((((....))))....)))...............................................((((........))))............................ | 16S_rRNA |
16S_rRNA-T.maritima_domain3 | GGUACCUCCCCGAAAGGGGUAGGGACCCAGUCCUUCGGGACUGGGAGCCGGCACAGGUGGUGCACGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUGCCCCUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAGGGGGACUGCCGGCGACGAGCCGGAGGAAGGAGGGGAUGACGUCAGGUACUCGUGCCCCUUAUGCCCUGGGCGACACACGCGCUACAAUGGGCGGUACAAUGGGUUGCGACCCCGCGAGGGGGAGCCAAUCCCCAAAGCCGCCCUCAGUUCGGAUCGCAGGCUGCAACCCGCCUGCGUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACAC | ....(((((((....)))).)))..((((((((....))))))))..........((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))..............................(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....)...............(((((((..........)))))))......................... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-T.maritima_domain4 | ACCGCCCGUCACGCCACCCGAGUCGGGGGCUCCCGAAGACACCUACCCCAACCCGAAAGGGAGGGGGGGUGUCGAGGGAGAACCUGGCGAGGGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU | .(.(..((...((((.(((..((((((..((((....(((((((.((((..(((....))).)))))))))))...))))..))))))..))).))))....))...)..).((((((((((....))))))))))............... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-Z.mays_domain1 | CUCAUGGAGAGUUCGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGGGAAGUGGUGUUUCCAGUGGCGAACGGGUGAGUAACGCGUAAGAACCUGCCCUUGGGAGGGGAACAACAACUGGAAACGGUUGCUAAUACCCCGUAGGCUGAGGAGCAAAAGGAGAAAUCCGCCCAAGGAGGGGCUCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGAGGCAAUAGCUUACCAAGGCGAUGAUCAGUAGCUGGUCCGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUGCCGCGUGGAGGUGGAAGGCCUACGGGUCGUCAACUUCUUUUCUCGGAGAAGAAACAAUGACGGUAUCUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACAGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGA | ........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((.....))))).)))))......(((......((((.((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).)))))))..)).)).))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...(((((.....((.))))).......)))))))))).))))))))))... | 16S_rRNA |
16S_rRNA-Z.mays_domain2 | AUGAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGCUUUUCAAGUCCGCCGUCAAAUCCCAGGGCUCAACCCUGGACAGGCGGUGGAAACUACCAAGCUGGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUUCCGGUGGAGCGGUGAAAUGCAUUGAGAUCGGAAAGAACACCAACGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCGACACUGACACUGAGAGACGAAAGCUAGGGGAGCAAAUGGGAUUAGAGACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAGGUGCUGUGCGACUCGACCCGUGCAGUGCUGUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGUUCGCAAGAAUGAAACUCA | .......(((((.....((((.(.(((.((((....(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))...))))...(((.((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))..)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((..)))).....)))))).))).(((......((((....))))....))). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-Z.mays_domain3 | AAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAAGGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCGCGAAUCCUCUUGAAAGAGAGGGGUGCCCUCGGGAACGCGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUAAGGUGUUGGGUUAAGUCUCGCAACGAGCGCAACCCUCGUGUUUAGUUGCCACUAUGAGUUUGGAACCCUGAACAGACCGCCGGUGUUAAGCCGGAGGAAGGAGAGGAUGAGGCCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUGCCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGGGCGGGACAAAGGGUCGCGAUCUCGCGAGGGUGAGCUAACUCCAAAAACCCGUCCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGCAGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCCAUACGGCGGCGAAUCCGUUCCCGGGCCUUGUACAC | .......(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....))))))).(.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.(....(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...(((.........)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).....).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))......((((((..........)))))).......))...)))))))))).)). | 16S_rRNA |
16S_rRNA-Z.mays_domain4 | ACCGCCCGUCACACUAUAGGAGCUGGCCAGGUUUGAAGUCAUUACCCUUAACCGUAAGGAGGGGGAUGCCUAAGGCUAGGCUUGCGACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU | ...(..((...((((.(((..((.((((.((((....(.((((.((((...((....)).)))))))).)...)))).)))).))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............. | 16S_rRNA |
23S_rRNA-B.subtilis_domain1 | AGGGCGCACGGUGGAUGCCUUGGCACUAGGAGCCGAUGAAGGACGGGACGAACACCGAUAUGCUUCGGGGAGCUGUAAGCAAGCUUUGAUCCGGAGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCACCACUCGUAAUGGAGUGGUAUCCAUAUCUGAAUUCAUAGGAUAUGAGAAGGCAGACCCGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCGGAGAAGAGAAAGCAAAUGCGAUUCCCUGAGUAGCGGCGACGAACACGGGAUCAGCCCAAACCAAGAGGCUUGCCUCUGUGGUUGUAGGACACUCUGUACGGAGUUACAAAAGAACGAGGUAGAUGAAGAGGUCUGGAAAGGGCCCGCCAUAGGAGGUAACAGCCCUGUAGUCAAAACUUCGUUCUCUCCUGAGUGGAUCCUGAGUACGGCGGAACACGUGAAAUUCCGUCGGAAUCCGGGAGGACCAUCUCCCAAGGCUAAAUACUCCCUAGUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGUGAAAGAGAUCCUGAAACCGUGUGCCUA | .((((((((((.....(((..(((((((((((((......((((((..(..((.))).....(((((((..((())..)..))).....)))))))...)))....(((....)))(((((((......))))))).(((((((((.........))))))).)).))....((((((.....((....))......))))).)........((....))..((((((.....(......)....).))))..((((.....((.((((....)))))).......(((((((((.....((((.......((((((((((.(((...(.((((.......)))))(((...).(((.....)))))...)))...)))))))))))))).)))))..)))).....((((((((.........))))))))......(((((......)))))..))))..)..)).))))))).))...............((....))....)).........((((....)))).............).....)))))))))). | 23S_rRNA |
23S_rRNA-B.subtilis_domain2 | AACCGGCGAGUUACGAUCCCGUGCAAGGUUAAGCAGAAGAUGCGGAGCCGCAGCGAAAGCGAGUCUGAAUAGGGCGCAUGAGUACGUGGUCGUAGACCCGAAACCAGGUGAUCUACCCAUGUCCAGGGUGAAGUUCAGGUAACACUGAAUGGAGGCCCGAACCCACGCACGUUGAAAAGUGCGGGGAUGAGGUGUGGGUAGGGGUGAAAUGCCAAUCGAACCUGGAGAUAGCUGGUUCUCUCCGAAAUAGCUUUAGGGCUAGCCUCAAGGUAAGAGUCUUGGAGGUAGAGCACUGAUUGGACUAGGGGCCCUCACCGGGUUACCGAAUUCAGUCAAACUCCGAAUGCCAAUGACUUAUCCUUGGGAGUCAGACUGCGAGUGAUAAGAUCCGUAGUCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCGCCAGCUAAGGUCCCAAAGUAUACGUUAAGUGGAAAAGGAUGUGGAGUUGCUUAGACAACCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCAUUUAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUGACUCUGCGCCGAAAAUGUACCGGGGCUAAACGUAUCACCGAAGCUGCGGACUGUUCUUCGAACAGUGGUAGGAGAGCGUUCUAAGGGCUGUGAAGCCAGACCGGAAGGACUGGUGGACGGCUUAGAAGUGAGAAUGCCGGUA | .((((((....(((((((.(((((..((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....))))......))))).)))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((((..((((((((((...(.(((...((((((((...(((((((.....))))).))...))))))))..)).).)...)))).))))).)))))))).)...(((((((.((......)).)))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....(.((((((...........((..((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))).))............)).....))))))))))...)))))))(((((((...)))))))....))))))(.(((((((.........(((((.((....)).)))))......)))))))..).....)))))). | 23S_rRNA |
23S_rRNA-B.subtilis_domain3 | AGAGGGGUGAGAAUCCCUCCACCGAAUGCCUAAGGGUUCCUGAGGAAGGCUCGUCCGCUCAGGGUUAGUCGGGACCUAAGCCGAGGCCGAAAGGCGUAGGCGAUGGACAACAGGUUGAUAUUCCUGUACCACCUCCUCACCAUUUGAGCAAUGGGGGGUCGCAGGAGGAUAGGGUAAGCGCGGUAUUGGAUAUCCGCGUCCAAGCAGUUAGGCUGGGAAAUAGGCAAAUCCGUUUCCCAUAAGGCUGAGCUGUGAUGGCGAGCGAAAUAUAGUAGCGAAGUUCCUGAUUCCACACUGCCAAGAAAAGCCUCUAGCGAGGUGAGAGGUGCCCGUACCGCAAACCGUCACAGGUAGGCGAGGAGAGAAUCCUAAGGUGA | .((((((......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....((((((.((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((.((((((......((...((((....((((..(((..(((.((((((((..........))))))((..((((...(((((((((((.((.....)))))))))....))))...))))...))...((.(.......).))....)))))...)))...)))).........))))..))..)))))))))))))))..)).....((......)).)))).((((.....))))..)))). | 23S_rRNA |
23S_rRNA-B.subtilis_domain4 | UCGAGAGAACUCUCGUUAAGGAACUCGGCAAAAUGACCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCUGUUAGGGUGCAAGCCCGAGAGAGCCGCAGUGAAUAGGCCCAGGCGACUGUUUAGCAAAAACACAGGUCUCUGCGAAGCCGUAAGGCGAAGUAUAGGGGCUGACGCCUGCCCGGUGCUGGAAGGUUAAGAGGAGCGCUUAGCGUAAGCGAAGGUGCGAAUUGAAGCCCCAGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCCGCACGAAAGGCGCAACGAUCUGGGCGCUGUCUCAACGAGAGACUCGG | .((((....((((((((.(((..............(((((....(....).....)))))(((((.((.((((....)))))).)))))(...).......(((((((((..(((.........)))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((...((...(((((..((....))...)))))...))...))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).)))). | 23S_rRNA |
23S_rRNA-B.subtilis_domain5 | UACCUGUGAAGAUGCAGGUUACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUGCAGCCUGAUAUUGAAUGUUGGUACAGCUUGUACAGGAUAGGUAGGAGCCUUGGAAACCGGAGCGCCAGCUUCGGUGGAGGCAUCGGUGGGAUACUACCCUGGCUGUAUUGACCUUCUAACCCCCCGCCCUUAUCGGGCGGGGAGACAGUGUCAGGUGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAAGGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUUCCCUCAGAAUGGUUGGAAAUCAUUCGCAGAGUGUAAAGGCACAAGGGAGCUUGACUGCGAGACCUACAAGUCGAGCAGGGACGAAAGUCGGGCUUAGUGAUCCGGUGGUUCCGCAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGCUACCCCGGGGAUAACAGGCUUAUCUCCCCCAAGAGCUCCACAUCGACGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCGCAUCCUGGGGCUGUAGUCGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGUACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCCGUCGCGGGC | .(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..(((.((((((((((((.(..(...(..(((((..(((......((((((((....))))))))...)))........).).)))))).)))))))))))).)))....((.((((((.....))))))))......)))))))....))))..((((.....))))((((((...........))))))((((....((((((((.((((((.......))))))...))(()(.((())....))))))....((((..(((...(..)))..)))).(((....))).))))).).....(((((((.((........))))))))).....)).....)))))..))))))........(((.((((((((...((........))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.(((((((....)))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..))))))))))). | 23S_rRNA |
23S_rRNA-B.subtilis_domain6 | UGGAAAUUUGAGAGGAGCUGUCCUUAGUACGAGAGGACCGGGAUGGACGCACCGCUGGUGUACCAGUUGUUCUGCCAAGGGCAUCGCUGGGUAGCUAUGUGCGGACGGGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCAUGAAGCCCCCCUCAAGAUGAGAUUUCCCAUUCCGCAAGGAAGUAAGAUCCCUGAAAGAUGAUCAGGUUGAUAGGUCUGAGGUGGAAGUGUGGCAACACAUGGAGCUGACAGAUACUAAUCGAUCG | .((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))..)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((....))))....(((((((((.......)))))....((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))...)))). | 23S_rRNA |
23S_rRNA-E.coli_domain1 | AGCGUACACGGUGGAUGCCCUGGCAGUCAGAGGCGAUGAAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCGGUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCAGUGUGUUUCGACACACUAUCAUUAACUGAAUCCAUAGGUUAAUGAGGCGAACCGGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCCGAGGAAAAGAAAUCAACCGAGAUUCCCCCAGUAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCUGAAUCAGUGUGUGUGUUAGUGGAAGCGUCUGGAAAGGCGCGCGAUACAGGGUGACAGCCCCGUACACAAAAAUGCACAUGCUGUGAGCUCGAUGAGUAGGGCGGGACACGUGGUAUCCUGUCUGAAUAUGGGGGGACCAUCCUCCAAGGCUAAAUACUCCUGACUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGCGAAAAGAACCCCGGCGAGGGGAGUGAAAAAGAACCUGAAACCGUGUACGUA | .((((((((((.....(((..(((((((((((((......((((((.(..(((()))...).(((((((..((()))..).)))......)))))))...)))....(((....)))(((((((....))))))).(((((((((.........))))))))).))...((((((.....((....))......))))).).........((....))..((((((.....((.....))....)))))..((((..((((......(((((((((((((.(((...(((((......)))))(((...).(((.....)))))...)))...)))))))))))))...))))........((((((((.........))))))))......(((((......)))))..))))..)..)).))))))).))...............((....))....)).........((((.....)))).............).....)))))))))). | 23S_rRNA |
23S_rRNA-E.coli_domain2 | GGUCAGCGACUUAUAUUCUGUAGCAAGGUUAACCGAAUAGGGGAGCCGAAGGGAAACCGAGUCUUAACUGGGCGUUAAGUUGCAGGGUAUAGACCCGAAACCCGGUGAUCUAGCCAUGGGCAGGUUGAAGGUUGGGUAACACUAACUGGAGGACCGAACCGACUAAUGUUGAAAAAUUAGCGGAUGACUUGUGGCUGGGGGUGAAAGGCCAAUCAAACCGGGAGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAGCUAUUUAGGUAGCGCCUCGUGAAUUCAUCUCCGGGGGUAGAGCACUGUUUCGGCAAGGGGGUCAUCCCGACUUACCAACCCGAUGCAAACUGCGAAUACCGGAGAAUGUUAUCACGGGAGACACACGGCGGGUGCUAACGUCCGUCGUGAAGAGGGAAACAACCCAGACCGCCAGCUAAGGUCCCAAAGUCAUGGUUAAGUGGGAAACGAUGUGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUCGGCCUGCGCGGAAGAUGUAACGGGGCUAAACCAUGCACCGAAGCUGCGGCAGCGACGCUUAUGCGUUGUUGGGUAGGGGAGCGUUCUGUAAGCCUGCGAAGGUGUGCUGUGAGGCAUGCUGGAGGUAUCAGAAGUGCGAAUGCUGACA | .((((((....(((((((((((((..((((..((.....))..))))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...((((((......))))))....))))...(((.(((((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((((..((((((((((.....(((...(((.((((...(((((((.....))))).))...)))).)))..)).).....)))))).)))..)))))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...(((((....(.((((((...........((..(((((..(((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))..))))).))............)).....))))))))))...)))))))(((((((((....)))))))))....))))))(.(((((...(((......((((((((....))))))))...)))..)))))..).....)))))). | 23S_rRNA |
23S_rRNA-E.coli_domain3 | AAGCGGGUGAAAAGCCCGCUCGCCGGAAGACCAAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGAGUCGACCCCUAAGGCGAGGCCGAAAGGCGUAGUCGAUGGGAAACAGGUUAAUAUUCCUGUACUUGGUGUUACUGCGAAGGGGGGACGGAGAAGGCUAUGUUGGCCGGGCGACGGUUGUCCCGGUUUAAGCGUGUAGGCUGGUUUUCCAGGCAAAUCCGGAAAAUCAAGGCUGAGGCGUGAUGACGAGGCACUACGGUGCUGAAGCAACAAAUGCCCUGCUUCCAGGAAAAGCCUCUAAGCAUCAGGUAACAUCAAAUCGUACCCCAAACCGACACAGGUGGUCAGGUAGAGAAUACCAAGGCGC | .((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))....(((((..((...(((.(.(((....))).).)))...))...(((((........)))))))(((((((((((((..(((((....((((..(((..(((((((((((..........))))))((..((((...((((((((((((.((.....))))))))))..))))...))))...))...(((((....)))))....)))))...)))...)))).........)))))..))....))))))))))).)))..)).....((......)).)))).((((.....))))..)))). | 23S_rRNA |
23S_rRNA-E.coli_domain4 | UUGAGAGAACUCGGGUGAAGGAACUAGGCAAAAUGGUGCCGUAACUUCGGGAGAAGGCACGCUGAUAUGUAGGUGAGGUCCCUCGCGGAUGGAGCUGAAAUCAGUCGAAGAUACCAGCUGGCUGCAACUGUUUAUUAAAAACACAGCACUGUGCAAACACGAAAGUGGACGUAUACGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAUGGCGUAAUGAUGGCCAGGCUGUCUCCACCCGAGACUCAG | .((((....((((((((.(((..............(((((....(....).....)))))((((((...(((.....((((.....))))....)))..))))))(...).......(((((((((..(((.........)))..(((((((((...(((....)))...)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((........(((((..((....))...)))))........))))))))..)))))((((((.......))))))(...).....(.........((((((.....))))))).........))))...)).)))))))....))).)))))))).)))). | 23S_rRNA |
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in Dataset Viewer.
ArchiveII
ArchiveII is a dataset of RNA sequences and their secondary structures, widely used in RNA secondary structure prediction benchmarks.
ArchiveII contains 2975 RNA samples across 10 RNA families, with sequence lengths ranging from 28 to 2968 nucleotides. This dataset is frequently used to evaluate RNA secondary structure prediction methods, including those that handle both pseudoknotted and non-pseudoknotted structures.
It is considered complementary to the RNAStrAlign dataset.
Disclaimer
This is an UNOFFICIAL release of the ArchiveII by Mehdi Saman Booy, et al.
The team releasing ArchiveII did not write this dataset card for this dataset so this dataset card has been written by the MultiMolecule team.
Example Entry
| id | sequence | secondary_structure | family |
|---|---|---|---|
| 16S_rRNA-A.fulgidus | AUUCUGGUUGAUCCUGCCAGAGGCCGCUGCUA... | ...(((((...(((.))))).((((((((((.... | 16S_rRNA |
Column Description
id: A unique identifier for each RNA entry. This ID is derived from the family and the original
.stafile name, and serves as a reference to the specific RNA structure within the dataset.sequence: The nucleotide sequence of the RNA molecule, represented using the standard RNA bases:
- A: Adenine
- C: Cytosine
- G: Guanine
- U: Uracil
secondary_structure: The secondary structure of the RNA represented in dot-bracket notation, using up to three types of symbols to indicate base pairing and unpaired regions, as per bpRNA's standard:
- Dots (
.): Represent unpaired nucleotides. - Parentheses (
(and)): Represent base pairs in standard stems (page 1).
- Dots (
family: The RNA family to which the sequence belongs, such as 16S rRNA, 5S rRNA, etc.
Variations
This dataset is available in two additional variants:
- archiveii: The main ArchiveII dataset.
- archiveii.512: ArchiveII dataset with sequences no longer than 512 nucleotides.
- archiveii.1024: ArchiveII dataset with sequences no longer than 1024 nucleotides.
Related Datasets
- RNAStrAlign: A database of RNA secondary with the same families as ArchiveII, usually used for training.
- bpRNA-spot: Another commonly used database in RNA secondary structures prediction.
License
This dataset is licensed under the AGPL-3.0 License.
SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0-or-later
Citation
@article{samanbooy2022rna,
author = {Saman Booy, Mehdi and Ilin, Alexander and Orponen, Pekka},
journal = {BMC Bioinformatics},
keywords = {Deep learning; Pseudoknotted structures; RNA structure prediction},
month = feb,
number = 1,
pages = {58},
publisher = {Springer Science and Business Media LLC},
title = {{RNA} secondary structure prediction with convolutional neural networks},
volume = 23,
year = 2022
}
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